François-Xavier Bustillo est né en 1968 à Pampelune. Il est le fils d’un militaire et d’une mère de quatre enfants.

À dix ans, il entre au petit séminaire de la vallée de Baztan près d’Espelette, de l’autre côté de la frontière espagnole4.

À dix sept ans, ayant obtenu son baccalauréat, il rejoint les franciscains à Padoue, en Italie.

Membre de l’Ordre des Frères mineurs conventuels, il fait sa profession solennelle le 20 septembre 1992, est ordonné prêtre le 10 septembre 19945, puis vient en France. Il obtient sa licence en théologie à l’Institut catholique de Toulouse en 1997. Il co-fonde le couvent de Saint-Bonaventure à Narbonne.

Après avoir été supérieur provincial des franciscains conventuels, l’une des trois grandes familles franciscaines il était, jusqu’à sa nomination comme évêque, gardien (supérieur) du couvent Saint-Maximilien-Kolbe de Lourdes, délégué épiscopal à la protection des mineurs et des personnes vulnérables du diocèse de Tarbes et Lourdes, cérémoniaire diocésain et membre du conseil épiscopal du diocèse de Tarbes et Lourdes.

Le 11 mai 2021, François-Xavier Bustillo est nommé évêque d’Ajaccio par le pape François.

Le 9 juillet 2023, le pape François annonce lors de l’Angélus la tenue d’un consistoire pour la création de nouveaux cardinaux le 30 septembre 2023, dont François-Xavier Bustillo.